המוזיאון בבניין הדואר הישן לתולדות בית שאן הוקם בשנת 2013 ביוזמתו ובברכתו של ראש העירייה, רפאל בן שטרית, שראה במוסד זה תרומה למערכת החינוך ולחיזוק וטיפוח נושא התיירות. לרעיון חברו מתנדבים, בעיקר ממערכת החינוך, שראו במוזיאון החדש מנוף להקמת מוזיאון רב-תכליתי שיכלול בבוא העת את שלושת התחומים שמוזיאון מודרני אמור לספק: ארכיאולוגיה, אמנות ומורשת היישוב. עד להגשמת החלום והחזון, יעסוק המוזיאון במתכונתו העכשווית בעיקר בתחום מורשת היישוב החל מקום המדינה ועד ימינו.