הקיבוץ נוסד בשנת 1936 על ידי עולים צעירים מתנועת בח”ד (ברית חלוצים דתיים) מגרמניה ומצ’כיה. בשנים הראשונות (עד 1943) ישב במחנה זמני בפרדס חנה ונקרא בשם רמת השומרון. ב 1943 עלה הקיבוץ על הקרקע בנגב, מול עזה, ובחר להיקרא על שם הבארות שחפר יצחק אבינו באזור זה, ועל שם הרב יצחק ניסנבוים הי”ד, ממייסדי תנועת המזרחי, שנספה בשואה. בח’ בתמוז תש”ח נאספו על היישוב גדודי לוחמים מצריים. הם נהדפו בגבורה על ידי אנשי המקום (הנשים והילדים פונו לפני כן) ולוחמי חטיבת הנגב. השטח נשאר בידי מדינת ישראל, אך היישוב נהרס כולו, ו- 17 לוחמים מאנשי המקום נפלו בקרב. חברי הקיבוץ החליטו לשקם את ביתם במקום אחר ובנו מחדש את הקיבוץ בשפלת לוד. במקום שרד מגדל המים. שיקום מגדל המים החל ב 2011. השיקום הינו שיקום “כמות שהוא”, כלומר טיפול במגדל להצלתו בלבד, ללא שינוי במראהו ובמבנהו. השיקום כלל טיפוח נופי ע”י הקק”ל.