המוזיאון הישראלי מציג שני סיפורים מקבילים, שהתלכדו לעתים לאחד: סיפור תולדותיה של מדינת ישראל מתחילת המנדט הבריטי ועד רצח ראש הממשלה, וסיפור חייו של יצחק רבין. הסיפור הישראלי מתפתח באולמות תצוגה גדולים. בין הסיפורים מקשר מסלול מעגלי הולך ויורד, המציין אבני דרך בחייו האישיים של רבין. בתוך חדרי התצוגה של ההיסטוריה הישראלית ישנם שני צירי משנה חשובים: האחד – ציר של עימותים ומחלוקות שפילגו את החברה הישראלית מראשיתה, המלמד על יכולתם של מחנות יריבים הן בתקופת היישוב והן בתקופת המדינה להתעלות מעל אותן מחלוקות, למצוא מכנים משותפים ולהמשיך יחד על אף הכל. השני – סרגל אירועים עולמי, המציג אירועים בולטים שהתרחשו ברחבי העולם במקביל לאירועים המקומיים. מטרתו של ציר זה להעניק הקשר ופרספקטיבה לאירועים שהתחרשו בארץ ישראל ואחר כך במדינת ישראל.
מה באתר: המוזיאון הישראלי מותאם לביקורי בודדים ולקבוצות, לסיורים מודרכים ולסיורים שאינם מודרכים. לקבוצות מוצעים גם סדנאות וימי עיון העוסקים במנהיגות, בחברה הישראלית ובדמוקרטיה בישראל. האתר מומלץ בחום לכל אזרח ישראלי שרוצה להיזכר, להתחבר, להתרגש. כמו כן, זהו אתר אידיאלי לתיירים: מבט פנורמי על ההיסטוריה של ישראל במוזיאון אחד. למעוניינים: אולם כנסים עד 350 משתתפים.
לקהל הרחב: המבקרים מקבלים אוזניות ומכשיר שמע אוטומטי במגוון שפות, המספקים את פס הקול ליותר מ-200 סרטים וסרטונים דוקומנטריים המוצגים במקום.
לילדים: המוזיאון מתאים לילדים בני 10 ומעלה.