המועצה לשימור אתרי מורשת בישראל הוקמה בשנת 1984 בהתאם להחלטת ועדת החינוך של הכנסת, לאור המחאה הציבורית שהתעוררה עקב הרס הגימנסיה הרצליה, ופגיעה מתמשכת במורשת ההיסטורית הבנויה של ארץ ישראל בעת החדשה (משנת 1700 ואילך). המועצה הוקמה במסגרת החברה להגנת הטבע (במקור, תחת השם "המועצה לשימור מבנים ואתרי התיישבות"), והחל מינואר 2008 פועלת כעמותה עצמאית.
מאז הקמתה ועד היום, פועלת המועצה בנחישות ובעקביות ליצירת מסורת שימור השואבת השראה מהעולם, אך מותאמת לתנאים ולסיפור הייחודי של הארץ. המועצה רואה בשימור לא רק אקט טכני, אלא תרבות שלמה של זהות, שייכות והמשכיות, ערכים שהיא שואפת להנחיל לקהל הרחב, למקבלי החלטות, לאנשי חינוך ולבעלי מקצוע בתחום התכנון והבנייה. המועצה פועלת בשיתוף פעולה מלא עם שר המורשת וצוות משרדו.