אליעזר יצחק פרלמן נולד בכ”א בטבת תרי”ח (7 בינואר 1858) בעיר לוז’קי (Luzhki) אז, בפלח וילנה של החבל הצפון מערבי של הקיסרות הרוסית (היום צפון בלארוס). את השכלתו הראשונית רכש אליעזר ב”חדר”. בשנת 1871, בהגיעו למצוות, הוא נשלח אל דודו בעיר פולוצק ללמוד בישיבה. ראש הישיבה, הרב יוסי בלויקר, שהיה משכיל נסתר, הפגיש את הנער עם הדקדוק העברי (שהיה אסור אז ללימוד) ועם ספרות ההשכלה. משגילה זאת הדוד, העביר את אליעזר לעיירה גלובוקויה ובה התוודע הנער לשלמה נפתלי הרץ יונאס, חסיד חב”ד לשעבר שהפך למשכיל, ולבנותיו דבורה (לימים אשתו הראשונה) וביילה (פולה, לימים אשתו השנייה).
בשנים 1874-1877 למד אליעזר בבית הספר הריאלי בדווינסק (דינאבורג) ולאחר סיום לימודיו נסע בשנת 1878 לפריס ללמוד רפואה. אולם הוא נאלץ להפסיק את לימודיו כשחלה בשחפת ותחת זאת החל ללמוד בבית המדרש למורים של חברת “כל ישראל חברים”. עוד בתקופת לימודיו בבית הספר התעורר אליעזר למאבקו של העם הבולגרי לעצמאות, בעקבותיו נתפס לרעיון “תחיית ישראל על אדמת אבות”, ומאוחר יותר גם לרעיון תחיית הדיבור העברי.
את רעיונותיו פרסם לראשונה במאמרו “שאלה נכבדה”, שהודפס בווינה בכתב העת “השחר” שבעריכת פרץ סמולנסקין בשנת 1879. על המאמר הוא חתם לראשונה בשם העט בן יהודה. בשנת 1881, לאחר ששהה באלג’יר בשל מחלת השחפת, הוא חזר לאירופה ונשא לאישה את אהובתו דבורה יונאס בווינה. באוקטובר 1881 עלה הזוג הצעיר לארץ ישראל. עם הגיעם ליפו הפך אליעזר פרלמן את שם העט שלו לשמו הרשמי ומאז נקרא אליעזר בן יהודה. כמו כן הכריז, שמאותו רגע ואילך ידבר עברית בלבד, ובכך הקים הזוג הצעיר את הבית העברי הראשון. השניים קבעו את מושבם בירושלים.
בן יהודה החל לעבוד בעיתון “חבצלת” של ישראל דוב פרומקין, והמשיך בעבודתו שם עד סוף שנת 1884. עוד בעת שעבד אצל פרומקין הוציא בן יהודה לאור את עיתונו הראשון, “מבשרת ציון”, שנדפס כתוספת לחבצלת בשנת 1884. לאחר שעזב את “חבצלת” החל בן יהודה להוציא לאור את הראשון בעיתוניו העצמאיים, הצבי בשנת 1884. הוא עסק בעיתונות כ-30 שנה, עד זמן קצר לאחר פרוץ מלחמת העולם הראשונה. בן יהודה השתמש בעיתוניו ככלי להפצת דעותיו בעד התחייה הלאומית ונגד היישוב הישן בירושלים ומנהג ה”חלוקה” שנהג בו וכן להפצת חידושי הלשון שלו. מאבקיו של בן יהודה וניסיונו ליצור עיתונות חופשית העלו עליו את חמת השלטונות הטורקים, ואלה סגרו מדי פעם בפעם את עיתוניו. בחנוכה תרנ”ד (1893) אף אסרו את בן יהודה לזמן קצר. כדי להערים על השלטונות ולהמשיך להוציא את עיתוניו נאלץ בן יהודה לשנות את שמותיהם.
עוד בשנתם הראשונה של אליעזר ודבורה בן יהודה בארץ ישראל, בשנת 1882 נולד בנם בן ציון, הילד העברי הראשון. לימים שינה בן ציון את שמו לאיתמר בן יהודה. הוא היה לעיתונאי ועסקן ציוני (נפטר בשנת 1943). בשנת 1891 מתה דבורה בן יהודה משחפת והיא בת 36. כעבור חצי שנה, בשנת 1892, נשא בן יהודה לאישה את אחותה ביילה, שעלתה לשם כך לארץ ישראל. בעצת בעלה שינתה ביילה את שמה לחמדה.
עוד בשבתו בפאריס, כאשר נתפס לרעיון תחיית הלשון העברית, נתן בן יהודה את דעתו לחסרונן של מילים עבריות לציון מושגים לועזיים, ובשל כך החל לחדש מילים עבריות למילוי החסר. המילה הראשונה שחידש הייתה מילון, והיא החליפה את הצירוף ספר מילים שהיה נהוג עד אז (והוא עצמו תרגום המילה הגרמנית Woerterbuch). נוסף על כך החל בן יהודה ברישום מילים מיצירות ספרות עבריות מכל התקופות לשם הכנת מילון עברי מקיף. מילון זה, מלון הלשון העברית הישנה והחדשה, החל לצאת לאור בברלין בשנת 1908. להוצאת המילון קדמו שלושה ניסיונות של בן יהודה להוציא לאור מילון עברי-עברי בשנת 1887. כמו כן הוציא בן יהודה בשנת 1909 מילון כיס עברי-אשכנזי-רוסי ומילון רוסי-עברי-אשכנזי (בשיתוף עם יהודה גרזובסקי).
בן יהודה מת בביתו שבירושלים בערב שבת, 16 בדצמבר 1922, בעודו שוקד על כתיבת ערכים לכרך השמיני של מילונו, והוא בן 65. אליעזר בן יהודה הקדיש למעלה מ- 40 משנות חייו להחייאתה של הלשון העברית תוך מאבק עקשני בכל אלו שהערימו מכשולים בדרכו, ביניהם קטני אמונה שהתייחסו בספקנות לאפשרות מימוש חלומו וקנאים דתיים, אנשי “היישוב הישן” שלחמו בו על השימוש החילוני בעברית.
העובר היום על פני הבית ברחוב אתיופיה 11, אינו רואה סימן וזכר לכך שבמקום זה, חי ופעל מחייה הלשון העברית. בין כתליו של בית זה, עסק אליעזר בן יהודה במפעל הענק של כתיבת מילון השפה העברית, חידוש אלפי מילים ומחקר בלשני. בדירה שכורה בבית סמוך (רחוב אתיופיה 13), ערך את עיתוניו, “הצבי” (ששמו שונה ל”האור”) ו”ההשקפה”. כל הניסיונות של המועצה לשימור ועיריית ירושלים להציב לוח הנצחה בכניסה לביתו של אליעזר בן יהודה, נתקלו בידיים אלימות שעקרו אותו ממקומו. נותר רק שקע רבוע חצוב בקיר. ללא ציון, הדרכה והכוונה, אין העובר האורח יכול לדעת שבמקום זה התגורר אדם, שעסק במפעל לאומי.
אותם קנאים חרדים, שרדפו אותו עד חורמה בחייו, ממשיכים לשנוא אותו גם לאחר מותו. עקשנותו, קנאותו ומלחמתו ב”חלוקה” (קבלת תמיכה כספית מחו”ל), החריפה עוד יותר את מאבק החרדים בו. הם השליכו אבנים אל ביתו, הכריזו עליו חרם וסרבו לקבור את אשתו הראשונה ואת בתו, שמתו ממחלות. שונאיו אף הלשינו עליו לפני השלטון הטורקי כי הוא מהפכן וכתוצאה מכך נאסר ורק במאמצים רבים שוחרר מהכלא. לאחר מסכת של התנכלויות החליטו אליעזר בן יהודה ואשתו חמדה, לעזוב את הבית ברחוב אתיופיה הסמוך לשכונת מאה שערים ולבנות לעצמם משכן בשכונת תלפיות המרוחקת. אולם אל הבית החדש, ברחוב עין גדי 28, עברה להתגורר רק חמדה. אליעזר בן יהודה נפטר זמן קצר לפני שהושלם.