יעקב פרוטיגר גרמני יליד שוויץ, נמנה עם קבוצת “מיסיון בעלי המלאכה”, מייסודו של הכומר השוויצי פרידריך שפיטלר. בשנת 1862 נשלח יעקב פרוטיגר לירושלים כדי לשמש כסגן מנהל בנק המיסיון בעיר. בנק זה נוסד 1859 בירושלים “על מנת להראות לתושבים המקומיים כי הפרוטסטנטים יודעים לנהל עסקים ללא פניות וללא מטרת רווח”. עקב סכסוכים חריפים בין יעקב פרוטיגר לבין מנהל הבנק בירושלים, הוחלט לפצל את פעילות הבנק ולחלקו בין השניים. המנהל שמר לעצמו את עסקי המסחר ואילו יעקב פרוטיגר קיבל לידיו את ה”בנקאות”. בתוך שנים ספורות הצליח פרוטיגר לשלם את כל חובותיו לאגודת המיסיון של שפיטלר ורכש את הבנק תחת השם “בנק י. פרוטיגר ושותפיו”. בשנת 1874 נתקבל לעבודה בבנק פרוטיגר יוסף נבון, צעיר יהודי ירושלמי, אשר הפך תוך זמן קצר לשותף זוטר בבנק. נבון, יחד עם יהודי ירושלמי נוסף בשם שלום קונסטרום, השפיעו על פרוטיגר להשקיע כספים בהקמת שכונת מגורים בירושלים, במיוחד עבור היהודים שהגיעו לעיר במספרים גדולים ושאפו להתיישב בה.
קבוצת פרוטיגר הקימה, בין השאר, את השכונות היהודיות “עיר שלום” (אחר כך “בתי פרלמן” ליד מאה שערים), “בית יוסף” (בגבעת אבו תור), “מחנה יהודה”, “סוכת שלום” (בנחלאות) ועוד. היא גם סיפקה את הקרקע להקמת בית החולים היהודי “שערי צדק” ושכונות שבקרבתו, ואף רכשה את גוש הקרקעות הנרחב שמדרום לתחנת הרכבת, בדרך בית לחם, אשר ברבות השנים הועבר לידי הקרן הקיימת לישראל ושימש להקמת השכונות העבריות “תלפיות” ו”ארנונה”.
מפעל מרשים אחר של “קבוצת פרוטיגר” היה הקמת מסילת הברזל יפו-ירושלים בסוף שנות ה-80 וראשית שנות ה-90 של המאה ה-19. את הזיכיון להקמת המסילה מהממשלה הטורקית רכש יוסף נבון ואילו בנק פרוטיגר מימן חלק מכריע מן העבודות. עקב ניהול לקוי וקשיים אובייקטיביים פשטה “חברת הרכבות” של נבון את הרגל ונאלצה למכור את הזיכיון לחברה צרפתית. בנק פרוטיגר נקלע בעקבות זאת לקשיים רבים. גורלו של הבנק כנראה שנחתם בעקבות גזירת השלטונות העותמנים משנת 1891, אשר אסרה עליית יהודים או רכישת מקרקעין על ידיהם בארץ ישראל. איסור פתאומי זה שם קץ לעסקי הקרקעות הענפים והרווחיים של הבנק, אשר נותר עם קרקעות רבות, יקרות ערך שלא נמצאו להן קונים. לאחר מאמצים חוזרים ונשנים להתאושש שלא נשאו פרי, הוכרז בנק פרוטיגר בשנת 1896 כפושט רגל. עקב כך עבר בית מחניים לרשות הפטריארכיה הלטינית, שהייתה אחד מנושיו.
בית מחניים עוצב בסגנון ניאו קלאסי רנסנסי, שהיה נפוץ באותה עת בבנייני פאר שונים בעיר. היה זה בית דו-קומתי עם עליית גג וקומת מרתף. בראש הגג הותקנה במה שמעקה הגן עליה; היא שימשה מקום תצפית אל עבר העיר העתיקה. הבניין תוכנן בצורה סימטרית ובמרכז החזית כניסה ראשית ייצוגית המעוטרת משני צידה בשני פילאסטרים הנושאים גמלון משולש. במרכז הגמלון חקוק שם הבית מחניים Mahanaim (בראשית ל”ב, ב’, “ויקרא יעקב את שם המקום ההוא מחניים”). משני צדי החזית יש אגפים בולטים בדוגמת חצי מתומן, המעוטרים בגילופי אבן מעוינים. מעוינים מגולפים גם בדלתות העץ של הכניסה הראשית. תכנית קומת הכניסה ותכנית הקומות העליונות דומות: אולם מרכזי וסביבו סידורים כל החדרים (40 חדרים). המחובר בגרם מדרגות. השירותים רוכזו בשני מגדלונים שנבנו בצמוד לחזית האחורית וחוברו במסדרון הקושר ביניהם ומתחבר אל האולם המרכזי.
כלפי חוץ, נעשה מאמץ לשוות לבית מראה אירופי מובהק, בסגנון ניאו רנסנס שהיה מקובל בבנייה הפרטית של עשירי המערב באותם ימים. בחצר הוקמו בנייני שירותים: בית הגנן, אורווה ובורות מים, במקום ניטעו עצי נוי לרוב והוא הוקף בחומה גבוהה. לפחות אחד המקורות סבור כי את תכנית הבניין התקין האדריכל הירושלמי הנודע קונראד שיק. בית מחניים נרכש מן הפטריארכיה הלטינית על ידי האגודה הלונדונית היהודית “אגודת חיים” עבור בית הספר לבנות ע”ש אוולינה דה רוטשילד, שקודם לכן שכן ברחוב הנביאים. בשנת 1899 הגיעה מאנגליה מיס אנני (חנה) לנדאו, המנהלת שהטביעה את חותמה על בית הספר במשך שנים רבות.
בשנות ה-30 וה-40 חזר בית הספר ע”ש אוולינה דה רוטשילד לבניין, אך בשנת 1948 הוחלט להעבירו בשל קרבת הבניין לגבול. בית הספר עבר לרחוב אוסישקין ברחביה וכך נסגר המעגל ההיסטורי: בית הספר שבין כתליו גר אוסישקין, עבר לשכון ברחוב הנושא את שמו של אוסישקין. בשנת 1949 הופקע הבניין על ידי ממשלת ישראל. זלמן שזר, שהיה שר החינוך הראשון, בחר אותו כמשרדו.
בשנת 1992 הוחלט לשפץ את המבנה שיפוץ יסודי בעלות של 2.5 מליון שקלים. השיפוצים כללו החלפת צנרת, דלתות, מרצפות שבורות וליקויים נוספים. כיום ניתן להתפעל מן הממדים הנרחבים של הבניין המפואר, שרק אדם אמיד בירושלים של המאה ה-19 יכול היה להרשות לעצמו.