מוזיאון רוקפלר הוא החשוב במוזיאונים בארץ להכרת עתיקות ארץ ישראל, מימי קדם ועד שנת 1700. מיקומו בקצה רחוב סולטן סולימן, פינת שדרות הצנחנים מול הקרן הצפונית-מזרחית של חומת העיר העתיקה ומעבר לחפיר החצוב לרגליה. האתר צופה אל גגות בתי העיר העתיקה, אל הר הבית ואל הגבעות סביב העיר.
ההיסטוריה של מוזיאון רוקפלר קשורה עם ייסודה של מחלקת העתיקות של ממשלת המנדט הבריטי בשנת 1920 ועם התפתחות הארכיאולוגיה של ארץ ישראל. מחלקת העתיקות של ממשלת המנדט שכנה בבניין ישן ברחוב המוזיאון (היום רחוב פיקוד מרכז), ששימש גם את בית הספר הבריטי לארכיאולוגיה בירושלים וכלל אולם תצוגה קטן. האתר שנבחר להקמת בניין מוזיאון רוקפלר בנוי על שטח שבתקופה העות’מאנית נקרא כרם א-שיח’ על שמו של שיח’ מוחמד אל-ח’לילי, שהיה המופתי של ירושלים במאה ה-17. שטח זה היה בבעלותו, ובשנת 1711 הוא בנה עליו ממערב למוזיאון, את מעון הקיץ שלו העומד על תלו עד עצם היום הזה. הבית בן שתי הקומות הוא אחד הבניינים הראשונים שנבנו מחוץ לחומות העיר העתיקה. הוא צפה על הנוף הנאה ובה בעת גם שמר על יבול הכרם והגן שנטע בסביבותיו. קומת הקרקע של הבניין שימשה בית בד, והקומה השנייה היתה קומת המגורים.
בשנת 1906 ביקשה הקרן הקיימת לישראל לרכוש את כרם א-שיח’ כדי להקים שם את בית-הספר לאמנות “בצלאל”. זאת, לפי חזונו של מייסד “בצלאל” בוריס שץ, שרצה להקים גם מוזיאון ואוניברסיטה על הגבעה שממנה “יחלוש המבט על מקום המקדש”. בסופו של דבר לא יצאה הרכישה אל הפועל, אך כעבור 13 שנים, בשנת 1919, הוצע לראשונה על ידי פטריק גדס, בדוח שכתב על תכנון העיר ירושלים, הרעיון להקים מוזיאון עתיקות ארכיאולוגי בשטח של כ-32 דונם. בשנת 1925 שכנע האגיפטולוג והארכיאולוג האמריקני הנודע ג’יימס הנרי ברסטד מהמכון ללימודי המזרח בשיקגו (Chicago Oriental Institute) את המיליונר האמריקני הנודע ג’והן ד. רוקפלר, לתת תרומה של שני מיליון דולר להקמת מוזיאון בירושלים ולאחזקתו. תרומתו של רוקפלר נחלקה לשניים: מחצית הסכום, מיליון דולר, נועדה להקמת הבניין ולציודו, ומחציתו השנייה הושקעה בקרן שנועדה לממן את הפעילות השוטפת של מחלקת העתיקות והמוזיאון.
תכנון בניית המוזיאון ניתן לאדריכל אוסטין סט הריסון (1890-1976), האדריכל הראשי של מחלקת העבודות הציבוריות בממשלת המנדט בין השנים 1923–1937. בין המבנים הבולטים שאותם תכנן הריסון בירושלים נמנים ארמון הנציב העליון ובניין הדואר המרכזי ברחוב יפו. בנייניו של הריסון מאופיינים בשמירה על סגנון הבנייה הקלאסי עם שאיפה לסימטרייה ולקווים ישרים, תוך התייחסות ברורה אל הנוף המקומי ושימוש בחומרי בנייה מסורתיים. הריסון ראה את המסורת האדריכלית של ארץ ישראל בהקשר תרבותי והיסטורי רחב, ולפי תפיסתו היא משלבת סגנונות אדריכלים ים-תיכוניים ומזרחיים, אשר יחד יוצרים מגוון רחב של צורות ומגמות. סגנונו האקלקטי של הריסון מתבטא בהרבה מהאלמנטים האדריכלים של בניין המוזיאון: סיתות האבן, גגות אבן מעוגלים, כיפות וקמרונות צולבים, חללים מתומנים, חצרות פנימיות, בריכת נוי וביתן מזרקה, השימוש בסטיו מקורה ובאריחים צבעוניים.
בנובמבר 1927 השלים הריסון את התכנית של בניין המוזיאון. אבן הפינה של המוזיאון (ובשמו הרשמי “המוזיאון הארכיאולוגי הארצישראלי”) הונחה בטקס רשמי ב-19 ביוני 1930, בהשתתפותם של הנציב העליון צ’נסלור, מנהל מחלקת העתיקות א.ת, ריצ’מונד ונציגי ציבור אנגליים, יהודים וערבים. עבודות הבנייה בוצעה על ידי חברת דה פארו האיטלקית. בניית המוזיאון ארכה כחמש שנים. טקס פתיחת המוזיאון נקבע ל-11 בינואר 1938, אך נדחה בשל רציחתו של הארכיאולוג הבריטי ג.גל סטארקי בהר חברון, שעה שהיה בדרכו מהחפירות בלכיש לטקס הפתיחה. הטקס התקיים יומיים מאוחר יותר במעמד הנציב העליון. סביב הבניין נטעו עצי זית בני 50 עד 100 שנה, שהובאו מאזור בית לחם, וצמחי בר אופייניים לארץ.
על פי תפיסתו של הריסון נבנו חלקים מהבניין תוך שימוש בטכנולוגיות מסורתיות, כגון בנייתן של חלק מהכיפות, סיתות האבן ומערכת אספקת המים לבריכה הפנימית באמצעות בורות אגירה. עם זאת, בשל חדירתם של חומרי בנייה מודרניים לתעשיית הבנייה הארץ ישראלית והרצון לשוות לבניין נופך מודרני ולהעניק לו עמידות נצחית, נבנו הכיפות שמעל אולם הכניסה הראשית עם כנפי הבניין בנויים חללים מתומנים שבצלעותיהם גומחות לתצוגה של חפצים גדולים. תשומת לב מרובה ניתנה לפרטי הבנייה, וזו ניכרת באיכות החומרים וברמת הביצוע הגבוהים, המייחדים את הבניין ומאפיינים אותו כאחד מהמבנים היפים שנבנו בארץ ישראל ובירושלים בעת המודרנית בפרטים הבאים:
האבן – הריסון בחר באבן בנייה שצבעה לבן, ומקורה כנראה במחצבות שבדרך בין ירושלים ליריחו. האבן מסותתת בסיתות טלטיש ואילו פרטי הבניה העדינים יותר מסותתים בסיתות עדין יותר.
ריהוט הבניין – הדלתות עשויות עץ אגוז שיובא מטורקיה, והן מתאימות בדיוק למידות הפתחים הקשתים. מסגרות המתכת לחלונות יוצרו באנגליה לפי הוראותיו של הריסון וכך גם פרטי הפרזול האחרים כגון הידיות, המנעולים והבריחים והסוגרים השונים. דלתות הכניסה שבשער הכניסה המרכזי (משקלן כ-700 ק”ג) צופו בלוחות נחושת מעוטרות באלמנטים מהאומנות המוסלמית של צפון אפריקה.
הריצוף והטיח – בריצוף המוזיאון עשה הריסון שימוש בשני חומרים: בחללים הגבוהים, שבהם התבקשו פתרונות אקוסטיים כוסתה הרצפה בלוחות שעם שעמעמו את שאון האנשים. במקומות אחרים רוצפו החללים בלוחות אבן גיר או במרצפות של מלט שחור.
תאורה – כמקובל ברבים מהמוזיאונים של תחילת המאה ה-20 גם כאן ניצלו את אור השמש לתאורה. החלונות גבוהים ורחבים והם ממוקמים בחלקם העליון של הקירות כדי למנוע קרינה ישירה על המוצגים והמבקרים. באולמות הכניסה ובאולמות המתומנים הקושרים בין אגפי הבניין תלויות מן התקרה נברשות זכוכית ענקיות, המעוצבות כמשקולות רב צלעיות או ככדורים.
האולם – האולם בן שתי הקומות נבנה בעיקר לשם קיומם של כנסים מדעיים בארכיאולוגיה. מתחת למפלס הבמה נבנו חדרי אירוח ושירותים לטובת המבקרים. באולם 15 שורות שבכל אחת מהן 14 מקומות ישיבה. הכיסאות מרופדים עור ולהן שלד ומשענות ברזל יצוקות ומסוגננות. בקירות האולם נקרעו חלונות תאורה שהוחשכו בוילונות של קטיפה כחולה.
חדר הישיבות – המתומן מבין החדרים שבאגף המנהלה בולט במיוחד (קירו החיצון של החדר מעוגל ומראהו כשל מגדל שמירה המקדם את הבאים בשער המוזיאון). חדר זה נועד בעיקר לישיבות המועצה הארכיאולוגית המייעצת. בכל אחד מצלעותיו נקבעו מגרעות (נישה) שבהן נבנו מושבי אבן מרופדים. תקרת החדר מקורה בכיפה, ומתחתיה, בחלקו העליון של הקיר, ולכל אורכו, נקבעה כתובת יוונית המצוירת על גבי אריחי קרמיקה. בכתובת זו רשום האזכור הראשון של המילה היוונית “ארכיאולוגיה” במשמעות של תולדות ימי קדם.
הכניסה הראשית למוזיאון היא דרך שער רחב וקשות, שאליו עולים בשני גרמי מדרגות ישרים מימין ומשמאל. תקרת אולם הכניסה גבוהה במיוחד, והיא מקורה בכיפה שטוחה. מעל אולם הכניסה נישא מגדל הצריח המרכזי. זהו אולם רבוע עם כיפה הנסתרת בתוך המגדל. בכל אחת מקומות המגדל נקבעו חלונות בצורות שונות. צורתו של צריח המגדל יונקת את השפעתה מצורתם של מגדלים דומים באדריכלות הממלוכית.
אולמות התצוגה של המוזיאון מסודרים סביב לחצר מרכזית. חדרי התצוגה מאופיינים בתכנית מלבנית פשוטה – גובהם רב והם מרווחים. חלונות התאורה נקבעו בגובה רב והם הבטיחו תאורת אור יום אחידה וקבועה. תקרת האולמות עוצבה בצורת הקסטונים והמדליונים המוכרת באדריכלות של האימפריה הרומית, כגון בכיפת הפרתנון שברומא. הסידור של אולמות התצוגה סביב לחצר הפנימית אפשר לאוצר המוזיאון ג. איליפה לסדר את המוצגים לפי סדר כרונולוגי מגובש ודידקטי ביותר.
החצר הפנימית-המרכזית, היא גולת הכותרת של מבנה המוזיאון. חצר זו מצויה במרכז ציר האורך של הבניין. החצר משתרעת על שלושה מפלסים מדורגים. במרכזו של המפלס הנמוך ביותר ישנה בריכת נוי מלבנית הניזונה ממי בורות האגירה המצויים בשני קצותיה. על פני המים צפות חבצלות מים מוריקות ובתוכם שטים דגי זהב. החצר נתחמת בשלושה סטווים מקורים בקמרונות צולבים שבחזיתם שורה של קשתות. במרווחים שבין אמנות הקשתות שבחזית מוצבים מוצגים גדולים, כגון סרקופגים. בקצה הבריכה מצוי חדרון קטן – כמעין היכלית או מח’ראב, שקירותיו מחופים באריחים של קרמיקה ארמנית מרהיבה, הנושאת עיטורים נטוראליסטיים. את האריחים עיצב אומן הקרמיקה הארמנית הנודע דוד אוהנסיאן. ברצפה של חדרון זה הותקנה מזרקה, שמימיה מילאו בריכה מתומנת קטנה. מי המזרקה זרמו בתעלה אל הבריכה שבחצר. ההשראה לחצר המרכזית באה מארמון אלהמברה שבגרנדה, בן המאה הי”ד, אשר נחשב לאחד מפלאי האדריכלות המוסלמית של ימי הביניים בספרד ובכלל.
בתקופת המנדט הבריטי שכנה במוזיאון משרד מחלקת העתיקות (רשות העתיקות). לקראת סיום תקופת המנדט הבריטי בארץ ישראל, במאי 1948 ביקשו הבריטים להבטיח את עתיד המוזיאון בידי מועצת נאמנים בינלאומית שמינה הנציב העליון. במלחמת העצמאות לא הצליחו הכוחות היהודים לכבוש את האזור המוזיאון, ובהסכמים בין ירדן לישראל נקבע שלישראל יהיה חלק בניהול המוזיאון, אך הירדנים החליטו בשנת 1966 להעביר להלאים את הבעלות והשליטה על המוזיאון ובאוספיו ומנעו מהיהודים לבקר בו. במלחמת ששת הימים, ב-6 ביוני 1967 נכבש מוזיאון רוקפלר בקרב קשה ע”י גדוד 28 מחטיבת הצנחנים (חטיבה 55). לאחר מלחמת ששת הימים, עברו לבניין משרדי אגף העתיקות והמוזיאונים הישראלי (כיום רשות העתיקות הישראלית) ניהול ואחזקת מוזיאון: מנוהל על ידי מוזיאון ישראל, ששומר על התצוגה כפי שסודרה בתקופת המנדט הבריטי.