לאורך השנים מחוז הצפון של המועצה לשימור אתרי מורשת בישראל הקדיש תשומת לב רבה לתוואי הנטוש של מסילת רכבת העמק, לתחנות ולמתקנים השונים שלאורכו. בעת הכנת התכנית הלאומית (תת”ל 13/6,2) לתוואי החדש של רכבת העמק השכילה המועצה לשימור אתרים לדרוש את הכנסתם של תחנות, גשרונים ומעבירי מים מקוריים לתכנית השימור. כעת, במסגרת העבודה על תוואי המסילה החדש ובתיאום בין המועצה לשימור לבין רכבת ישראל, נערכים סקר, תיעוד ותכנון שימורן של התחנות ההיסטוריות בבית שאן ובעין חרוד-כפר יחזקאל, מספר גשרונים מעבירי מים. בשימורו של קטע סוללה נטושה בעמק יזרעאל משתפת פעולה גם קק”ל.
בשימורן ובפיתוחן של תחנות הרכבת בולטים שיתופי הפעולה: כך בתחנת צמח עם מכללת כנרת, בבית המסילאים בתחנת חמת גדר עם הנהלת אתר התיירות, ובתחנת כפר יהושע, ששימורה ופיתוחה הקדימו את האתרים האחרים.
בחינת תהליך השימור, התכנון והפיתוח של תוואי המסילה ומתקניו מצביעה על ריבוי רשויות וגופים העוסקים בכך: המועצה לשימור אתרי מורשת בישראל, רכבת ישראל, שתי רשויות ניקוז ועשר רשויות מקומיות שונות, שבשטחן עובר התוואי. עיסוקם נקודתי, ולכל אתר, פריט או מקטע, מתקיימות חשיבה ועשייה תכנונית-שימורית שונה. מצב זה מעלה חשש למגוון גישות נפרדות בשימורן ובפיתוחן של החוליות המרכיבות את קו הרכבת ולפגיעה ברצף ההיסטורי והתרבותי אותו הקו מייצג. משום כך מנסה המועצה לשימור אתרי מורשת בישראל לקדם חשיבה תכנונית, שתציג את התוואי כולו כמכלול אחד תוך תיאום ושיתוף פעולה בין כל הגופים והגורמים. ביטוי לשיתוף פעולה השומר על הרצף ההיסטורי יכול להיות בתכנונו של שביל אופניים לאורך תוואי הרכבת ובהחייאת התחנות והמתקנים הנטושים, המספרים את סיפור הקו ולא רק מפארים כל אתר כשלעצמו.
דוגמא לתהליך זה הוא שימור תחנת הרכבת בצמח. תחנה זו, שהייתה זנוחה ונטושה במשך עשרות שנים, תזכה בזמן הקרוב לשיקום ולהחייאה, זאת לאחר שהוחלט שמכללת כנרת הצמודה אליה, תתרחב בשטחה, תכלול את התחנה ותנצל את המבנה ואת חלליו לצרכיה האקדמיים, לאולמות לימוד ומשרדים של מגמת לימודי ארץ ישראל. כדי לקדם את שימור התחנה פנתה המועצה לשימור אתרי מורשת בישראל לד”ר נטלי עטיה לערוך תיק תיעוד למבני המתחם, ורק לאחר שזה הושלם, הוחל בתכנון שימור המבנה ותהליך החייאתו.