במתחם מעבר מנדלבאום היום נמצא כביש מס’ 1 המחבר את צפון ירושלים למרכז העיר ולשכונות הדרומיות של ירושלים. השם מעבר מנדלבאום ניתן על שם בעליו של הבית, שמחה מנדלבאום אשר החליט בשנת 1927 להקים בית גדול (בעל 20 דירות) למשפחתו בסמיכות לשכונות בתי אונגרין, מאה שערים ובית ישראל. הבניין הוקם על חלקה גדולה שנרכשה מידי הווקף בדרך שהוליכה לאוניברסיטה בהר הצופים.
עם סיום הבנייה בשנת 1929 סירב הווקף להמשיך למכור אדמות ליהודים, וכך הבניין נשאר קיצוני וחשוף לשכונות הערביות שמצפון לחומת העיר העתיקה. עקב מיקומו החשוב בקו התפר החליטו במפקדת “ההגנה” להקים במקום מחסום להגנת ירושלים מפני התקפות ערבים מכוון שיח’ ג’ראח. עם פרוץ מלחמת העצמאות והתגברות ההתקפות בחודש מרס 1948 המשפחה נטשה את הבית לטובת ארגון “ההגנה”. האזור הפך לשדה מערכה בזמן מלחמת העצמאות בין הליגיון הירדני לצה”ל ובמקום נערכו קרבות קשים על השליטה בצומת ובאזור.
לאחר מלחמת העצמאות נקבע בהסכם שביתת הנשק ברודוס כי מעבר מנדלבאום ישמש כמעבר גבול בין שתי המדינות. הכניסה מהצד הישראלי מכיוון צפון, ואילו מדרום נערכו הבדיקות הביטחוניות ומפגשי המשפחות ותחנת המשטרה הירדנית. מעבר שער מנדלבאום שימש בעיקר למעבר דיפלומטים ואנשי או”ם, וכן למעבר של צליינים נוצרים בחג המולד. מן המעבר יצא אחת לשבועיים “שיירה דו-שבועית” אל מובלעת הישראלית בהר הצופים.
ב-6 ביוני 1967 פרצו חיילי חטיבת הצנחנים דרך המעבר בדרכם לכיבוש העיר העתיקה כאשר חיילי גדוד 28 השתלטו על המעבר. לאחר סיום הלחימה פינתה עיריית ירושלים את חומת העיר כולל שטח המעבר, ושרידיו של מעבר מנדלבאום נעלמו. הבניין היווה את נקודת המשטרה ושימש עד לשנת 2004 כמשכנו של בית הדין הארצי לעבודה. לאחר סיום בניית כביש מספר 1 הוקמה במקום כיכר על שם פיקוד המרכז שבמרכזה עומד פסל שעון שמש. בסמיכות למעבר מנדלבאום הוקם מוזיאון קו התפר או בשמו הקודם בית (עמדת) תורג’מן, שנמצא ברחוב חיל הנדסה 4 ומתמקד בסובלנות ובדו קיום בין יהודים לערבים.
המבנה הוכרז לשימור על ידי עיריית ירושלים, אולם במרס 2005 השכירה המדינה את המבנה לעמותה חרדית אשר החלה לבצע שינויים במבנה בניגוד להסכם השכירות ופגיעה בשימור הבניין. המועצה לשימור אתרים פנתה לעיריית ירושלים שפעלה להפסקת הפגיעה בבית לשימור.