בית הספר היסודי הראשון בשכונת אגרובנק נקרא בתחילה ״בית הספר העממי״.
בית הספר שכן בקומה הראשונה של בית מגורים, שעמד ברח׳ הפלמ״ח פינת רח׳ הנוטרים.
המחזור הראשון של בית הספר סיים שם את לימודיו בשנת 1945, מנהל בית הספר הראשון היה זאב אגרת, יהודי יוצא רומניה, שהטיף למען דיבור בשפה העברית.
שמעון יעבץ ויעקב מירנבורג, מנהלי חברת אגרובנק, תרמו את המגרש שעליו עומד בית הספר היום. המהנדס והבונה היה יהודה לולקו.
בית הספר נחנך בשנת התש״ז (1946). שמו של ״בית הספר העממי״ שונה ל״בית ספר שנקר״ בעקבות הירצחו של בן ציון שנקר, יו״ר ועד השכונה ואחד משני מנהלי בית החרושת לודז׳יה, על ידי חיילים בריטיים בליל ו׳ באדר א׳ התש״ו, 7-6 בפברואר 1946.
לצורך הקמת בית הספר, יזם בן ציון שנקר, עוד בחייו, מבצעי התרמה של סוחרים ותעשיינים שאתם היה במגע עסקי, כשם שעשה כאשר נבנה בית הכנסת הגדול הסמוך. המועצה המקומית חולון השתתפה בבנייה למרות תקציבה הקטן.